V roce 1864 se celá rodina stěhuje do Manchesteru. Jako mladík je Thompson popisován jako plachý, nepořádný a nedochvilný. Nastupuje do katolické školy Svatého Cuthberta v Durnhamu, kde vyniká v latině, angličtině a řečtině. Již od útlého věku se zajímá o poezii a sám píše básně. Jeho učitelem angličtiny jsou jeho díla popisována jako skvělá poezie, na tak mladého člověka. V roce 1877 je ovšem ze studií vyhozen. Přesný důvod není znám, Otec Tate jen poznamenal, že není Boží vůle, aby se Francis stal knězem.

Na otcovu radu se Thompson snaží stát chirurgem ve škole v Owensu, ale třikrát propadne u zkoušky. V roce 1878 začne v manchesterské královské nemocnici studovat anatomii. Zároveň stále pokračuje v psaní básní, v dubnu 1888 je jedna jeho krátká báseň otisknuta v katolickém časopise Merry England. Už od roku 1879 má Thompson silnou závislost na opiu, kterou si vypěstoval poté, co mu byla léčena plicní infekce laudanem.

V listopadu 1885 po hádce s otcem Thompson odchází z domu a odjíždí do Londýna. V letech 1885–1888 žije Thompson prakticky jako bezdomovec, potulující se po přístavní čtvrti v Londýně, na jih od Whitechapelu. Zkoušel štěstí u armády, ale neprošel základním výcvikem. Nakonec začal pracovat v továrně. Zemřel na tuberkulózu v roce 1907 ve věku 47 let, ve chvíli, kdy se jeho básně začínají slušně prodávat. V době své smrti vážil jen 32 kilogramů.

O Thompsonovi jako o podezřelém se zmiňuje Richard Patterson ve své knize Paradox v roce 1999. Ten ve své teorii tvrdí, že Rozparovač byl ve skutečnosti náboženský fanatik, který věřil, že je vyvolen Bohem a skrze něj Bůh promlouvá k lidem. Vede ho k tomu fakt, že nejbližší orientační bod u všech pěti míst vražd je kostel Páně ve Whitechapelu. Vrah se prý mohl domnívat, že pokud spáchá hřích v blízkosti kostela, bude mu odpuštěno. Opíral se o fakt, že pokud někdo spáchal zločin a vstoupil do kostela, byl mu zde poskytnutý azyl, protože se věřilo, že pokud by byl vinen, Bůh by mu nedovolil na posvátnou půdu vstoupit.

Důležitou roli měly hrát i dny, ve kterých byly vraždy spáchány. První Rozparovačova oběť, Mary Ann Nicholsová, byla zavražděna 31. srpna. Tento den patří Svatému Rajmundovi, patronovi nevinných. Annie Chapmanová byla zavražděna 8. září, v den Svatého Adriana. Ten byl pro změnu patronem vojáků a řezníků. 30. září byly zavražděny Elizabeth Strideová a Catherine Eddowesová. Toto datum připadá na svátek Svatého Jeronýma. Ten je patronem doktorů a učenců, navíc jim byl Thompson silně fascinován. 9. listopadu byla zmasakrována Mary Jane Kellyová. 9. listopad je dnem Svatého Theodora, patrona vojáků. Všichni tito svatí pocházeli z východu a účastnili se křížových výprav. Možná, že i Rozparovač si připadal jako svatý válečník bojující na své soukromé křížové výpravě proti zkaženosti a hříchu.

Svatý František z Assisi (podle něj dostal Thompson křestní jméno) byl první člověk, u kterého se projevovala stigmata, tedy zranění v místech, kde byl podle Bible Kristus zraněn během ukřižování. A nemá náhodou oněch pět vražd ve Whitechapelu symbolizovat právě těch pět ran, které Kristus na kříži utrpěl?

Sám Thompson o sobě tvrdil, že byl nešťastně zamilovaný do jedné prostitutky. Její jméno ovšem neznáme. Napsal také nikdy nevydanou báseň „Balada o čarodějných dětech“, ve které rytíř pronásleduje ženy, které vždy zavraždí a vykuchá. Jeho jediná povídka se jmenuje Finis Coronat Opus. Pojednává o mladém básníkovi, který ve starém pohanském chrámu obětuje ženy. Výměnou za ně pak dostává od ďábla věčnou slávu. Básník nakonec procitne a spáchá sebevraždu.

Ani rodina se k Thompsonovi v podstatě nehlásila. Jeho otec ho vydědil, jedna z jeho sester si změnila jméno, odcestovala do Kanady a o svém bratrovy tvrdila, že je to černá ovce rodiny.

Jak je to tedy s Thompsonem a jeho spojením s vraždami ve Whitechapelu? V době Rozparovačových vražd bylo Thompsonovi 29 let, což by odpovídalo popisům svědků. Také je pravda, že měl určité medicínské znalosti. Bylo o něm také známo, že během svého pobytu v Londýně u sebe neustále nosil pitevní skalpel, o kterém tvrdil, že ho používal na holení. Navíc byl levák, což většina odborníků tvrdí i o Rozparovači. V jednu chvíli policie pátrala po muži nosícím koženou zástěru. Thompson jednu takovou měl. Horší je to už s jeho vzhledem. Thompson byl středně vysoký, velice štíhlý, měl krátké tmavě hnědé až černé vlasy a šedé vousy. Nosil nápadně velký kabát a vždy měl na sobě kravatu. To už popisům svědků v Rozparovačově případu tolik neodpovídá. Navíc je pravda, že o Thompsona se policie nikdy nezajímala, ani v době vražd nepatřil mezi podezřelé. Navíc zemřel až 19 let po vraždě Mary Jane Kellyové.